Yükseköğretim Kurulu'nda (YÖK) ortaya çıkan 28 Şubat süreciyle ilgili belgelere savcılık tarafından el konuldu. 28 Şubat soruşturması kapsamında derdest edilen 300 klasör dosyada, YÖK'ün Milli Güvenlik Kurulu (MGK) ve Genelkurmay Başkanlığı ile yaptığı yazışmaların yanı sıra fişleme belgelerinin de bulunduğu belirtiliyor. 28 Şubat postmodern darbesiyle ilgili başlatılan soruşturma Ankara Özel Yetkili Savcısı Mustafa Bilgili tarafından yürütülüyor. Soruşturma kapsamında, o dönemde toplantılarda görev yapan 4 sivil memurun ifadesi alınmıştı. Soruşturma sürerken YÖK'e ait 300 klasör belgeye el konulduğu haberi geldi. 2010 yılında Kamu Personeli Seçme Sınavı'nda (KPSS) yaşanan kopya skandalı soruşturması kapsamında yapılan incelemeler sırasında söz konusu belgelere ulaşıldığı öğrenildi. Belgeler arasında dönemin Genelkurmay İkinci Başkanı emekli Orgeneral Çevik Bir ve eski YÖK Başkanı Kemal Gürüz arasındaki yazışmalar bulunuyor. Ayrıca Batı Çalışma Grubu'nun öğretim üyeleri ve üniversitelerle ilgili fişleme belgeleri de yer alıyor.

Savcılığın soruşturma dosyasına koyduğu 28 Şubat belgeleri arasında, dönemin Genelkurmay 2. Başkanı Çevik Bir imzalı yazının da bulunduğu belirtiliyor. 14 Temmuz 1998 tarihinde YÖK'e 'kişiye özel' olarak gönderilen ve emir üslubuyla kaleme alınan yazı, meslek lisesi mezunlarını mağdur eden katsayı uygulamasının kaynağını da deşifre ediyor. Yazıda, üniversite sınavlarında uygulanan sistem eleştiriliyor. "Genelkurmay Başkanlığı'na ulaşan bilgilerden, yükseköğrenim kurumlarına öğrenci seçiminde etkili olan Ortaöğretim Başarı Puanı (OBP) uygulamasının irticai gruplarca istismar edildiği öğrenilmiştir." deniliyor. Ardından, şu ifadeler yer alıyor: "Söz konusu sistem, irticai grupların bir okuldaki öğrencilerin çoğunluğunun notlarını düşük tutarken ileride yönetim kademelerine getirmeyi planladıkları öğrencilerin notlarını yüksek tutmak suretiyle OBP'nin de yüksek olmasını sağlamak, üniversiteye kabulde 40-45 puana varan bir avantaj elde etmelerine imkân vermek şeklinde istismar edilmektedir." Tek aşamalı sistemin istismarları artıracağı ileri sürülürken yapılması istenenler şöyle sıralanıyor: "OBP uygulamasının kaldırılmasının, 'ayarlama yapma' yetkisinin kullanılarak katsayıların minimize edilmesinin, ortaöğretim kurumlarının 1998 yılı için yaptığı OBP hesaplamalarının kontrolü maksadıyla MEB tarafından okullardaki kayıtların ve hesaplama yöntemlerinin öğrenci yerleştirme faaliyetleri sona ermeden önce denetlenmesinin uygun olacağı değerlendirilmektedir." Yazının ardından YÖK Genel Kurulu, 30 Ağustos'ta ÖSS'de yapacağı yeni düzenlemeyi görüşüyor. Bazı YÖK üyeleri, yazıya sert tepki gösteriyor. Başarı puanı uygulaması kaldırılmıyor ancak 1999'dan itibaren meslek liselileri mağdur eden katsayı uygulamasına geçiliyor. Kemal Gürüz, 1995-2003 yılları arasında YÖK başkanlığı yapmıştı.

YÖK Başkanı Prof. Dr. Gökhan Çetinsaya konu ile ilgili şu açıklamayı yaptı: "Savcılık, yürüttüğü bir soruşturma çerçevesinde Yükseköğretim Kurulu'muzdaki Toplumsal Faaliyetler Birimi'ne ait birtakım belgeleri bizden talep etti. Biz de gereğini yerine getirdik.'' Soruşturmaya bir katkı da HAS Parti'den geldi. Genel Başkan Yardımcısı Şeref Malkoç, 28 Şubat süreciyle ilgili 'delil' niteliğindeki bazı belgelerin bulunduğu 2 CD'yi Özel Yetkili Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı'na teslim etti.